عوارض عمل بای پس معده به نسبت سایر روش های جراحی لاغری مثل اسلیو معده بیشتر است. از جمله عوارض شایع این جراحی می توان به نیاز طولانی مدت بیمار به مصرف مکمل ها و ویتامین ها، استفراغ، مشکلات دفع روده و غش کردن اشاره کرد و همچنین از عوارض احتمالی این عمل لاغری می توان به خونریزی و عفونت های داخلی اشاره کرد.