سیاست‌های غلط صندوق موجب نارضایتی شدید بازنشستگان شده و به عوارض مخربی انجامیده؛ از جمله، عدم صدور احکام طبقه‌بندیِ ۲۸سال خدمت بازنشستگان وزارت بهداشت با تاخیر۴ ساله، یکی از مشکلات اساسی ناشی از سوءمدیریت ا‌ست.